Modesto Orozco y la Revolución de los Datos en la Dinámica Molecular

Las simulaciones computacionales se han convertido en una herramienta clave para estudiar el comportamiento de las biomoléculas a lo largo del tiempo. Gracias a los superordenadores, la dinámica molecular (MD) permite observar estos procesos con gran precisión, proporcionando información valiosa tanto para la investigación básica como para el diseño de biomoléculas, desde enzimas hasta fármacos.

A diferencia de la biología estructural o la genómica, donde el almacenamiento y el intercambio de datos siguen estándares comunes establecidos, los datos de simulación molecular permanecen fragmentados y a menudo olvidados en ordenadores personales. Esto obstaculiza la reproducibilidad de los cálculos y evita su reutilización futura. El resultado es un obstáculo formidable para integrar dichos datos en los flujos de trabajo de la biología estructural y la biofísica, al tiempo que ralentiza el desarrollo de métodos de inteligencia artificial (IA), cuyo entrenamiento depende en gran medida del acceso a grandes cantidades de datos dinámicos.

Hacia una Ciencia Abierta: Los Principios FAIR

En el artículo publicado en la revista Nature Methods, más de cien investigadores abogan por un cambio de modelo: aplicar los principios FAIR -que garantizan que los datos sean localizables, accesibles, interoperables y reutilizables- a los resultados de las simulaciones. El objetivo propuesto es construir un ecosistema abierto y sostenible que amplifique el impacto de estos datos y evite la duplicación innecesaria.

Al respecto, el Dr. Modesto Orozco, coordinador del proyecto europeo MDDB, jefe del laboratorio de Modelización Molecular y Bioinformática en el IRB Barcelona y fundador de la empresa biotecnológica Nostrum Biodiscovery, señala: “Durante años, la comunidad asumió que volver a ejecutar una simulación era más fácil y barato que archivarla. Pero eso ya no es así”.

Tabla: Impacto de la gestión de datos científicos

El rol de la innovación: Nostrum Biodiscovery

Los investigadores liderados por el Dr. Modesto Orozco buscan desarrollar la primera base de datos europea de dinámica molecular. Nostrum Biodiscovery proporciona tecnologías avanzadas en modelización molecular, cuyas soluciones personalizadas para clientes se basan en software propietario de última generación y de terceros, combinados con los últimos avances en IA.

“El conocimiento que podemos obtener de la reutilización de datos es inmenso: nos permitirá identificar nuevas dianas, entrenar algoritmos de IA y diseñar nuevos experimentos”, añade el Dr. Adam Hospital. Ambos investigadores lideran el proyecto europeo MDDB (Molecular Dynamics Data Bank), financiado por el Programa Horizonte Europa, que tiene como objetivo específico establecer una base de datos centralizada y accesible.

Integración de la dinámica molecular

El enfoque presentado en Nature Methods va más allá del simple almacenamiento. Aboga por un modelo integrado: desde la documentación precisa de las simulaciones hasta su análisis automatizado, validación y reutilización mediante técnicas de aprendizaje automático. El objetivo del proyecto es establecer una infraestructura que optimice los recursos computacionales, apoye el análisis de datos desde diferentes perspectivas y facilite la integración de la dinámica molecular en otros campos de investigación.

“El valor de estos datos no termina con la publicación de un artículo o su presentación en una conferencia. A menudo, eso es solo el principio”, concluye el Dr. Orozco. “Debemos tratar los datos como un recurso compartido para la ciencia”.

Perfil profesional del Dr. Modesto Orozco

• Catedrático de Bioquímica y Biología Molecular, Universidad de Barcelona (2002-presente).
• Director de la Unidad de Modelización Molecular y Bioinformática, IRB Barcelona (2002-).
• Exdirector del Departamento de Ciencias de la Vida, Barcelona Supercomputing Center (2005-2015).
• Cofundador y presidente de Nostrum Biodiscovery.